36協定で確認する時間外労働の実務手順とチェックリスト｜きんつぎ社会保険労務士法人｜山梨県甲府市

結論：まず確認すべきは「就業規則の現状」「実際の勤務実態と勤怠記録」「使用している勤怠管理方法」です。これらを整理することで36協定（時間外・休日労働に関する労使協定）の作成や届出がスムーズになります。本文では、届出前のチェック項目、作成・更新の手順、勤怠集計の注意点、変形労働時間制の留意点、相談が望ましいケースを実務的に解説します。なお、法定の具体的な時間数や届出書の最新版は必ず公式情報で確認してください。

36協定の役割と、どんな会社で必要か

36協定は、所定労働時間を超えて時間外労働や休日労働をさせる場合に、労使で取り決めを行い書面で届出るための労使協定です。常時時間外労働が発生する事業所や、繁忙期に柔軟な労働時間対応が必要な会社では、適切な協定の締結と届出が必要になります。具体的な上限や様式は法令や届出書の最新版に基づいて確認してください。

届出前にまず確認すべきチェックリスト

• 就業規則の有無と最新版の内容（時間外・休日、割増賃金の規定）
• 実際の勤務実態と記録（タイムカードや打刻ログ、直近数か月の集計）
• 残業が発生している部署や原因（業務量、シフト、欠員など）
• 使用している勤怠管理方法（紙・タイムカード・クラウド等）と信頼性
• 変形労働時間制やフレックスタイム制の導入有無・運用ルール
• 従業員の雇用形態ごとの労働時間管理（正社員、パート・アルバイト、契約社員など）
• 過去の労働基準監督署とのやり取りや指導の履歴があれば確認

36協定届に含める基本事項と作成・更新の手順

届出に含める代表的な事項は、協定の対象範囲（誰に適用するか）、協定の期間、時間外・休日労働の上限や労使で合意した特別条項の有無などです。具体的な書式や数値は公式の届出様式で確認してください。

作成・更新の実務手順（流れと留意点）

1. 社内で現状把握：上記チェックリストをもとにデータとルールを整理する。
2. 労使協議の実施：労働者代表と協議を行い、合意内容を議事メモに記録する。議事メモは日時、参加者、議題、合意事項を明確にして保存します。
3. 社内承認フロー：経営側の承認（代表者押印等）や就業規則との整合性確認を行う。
4. 届出書の作成と提出：正式な届出様式に従って労働基準監督署へ提出する。提出方法や窓口は地域の労基署の案内を確認してください。
5. 社内周知と運用開始：従業員に説明会や書面で周知し、勤怠管理で運用を開始する。

勤怠データの集計とチェック方法（実務上の注意）

勤怠データは時間外・深夜・休日の把握と残業代計算の根拠になります。以下の点を確認してください。

• 打刻の欠損や二重打刻の有無を月次でチェックする。
• タイムカードや勤怠システムの時刻設定（タイムゾーン、サマータイムの影響など）を整える。
• 手計算の場合は計算式や控除・加算ルールを明文化して二重チェックを行う。
• 月次で確認すべき項目：所定労働時間超過者、長時間労働者の一覧、休日出勤の実態、深夜時間帯の発生状況。
• 残業代計算の注意点：所定労働と法定労働の区別、割増率の適用対象、固定残業代（定額残業代）を採用している場合の内訳の明示。

変形労働時間制やフレックスを導入・見直す際の留意点

変形労働時間制やフレックスタイム制は、労働時間管理の考え方を変えるため、導入前に雇用形態や業務に合うかを慎重に検討する必要があります。対象となる雇用形態の範囲、清算期間やコアタイム（フレックスの場合）、労使協定や就業規則への明文化、導入前の周知方法を確認してください。導入後は運用実績を定期的に見直し、実態と規定が乖離しないようにします。

36協定が適切に機能しているかの簡単な判定基準と相談すべき場面

簡単な判定基準の例：

• 勤怠データを見て、特定の部署や従業員で常態的に長時間労働が続いていないか
• 届出の協定範囲と実際の運用が一致しているか
• 残業の原因が一時的か構造的か（業務量、欠員、不適切なシフトなど）

以下のような場合は社内対応だけでなく専門家や労働基準監督署への相談が望ましいです（具体例）：

• 常態的に長時間労働が続き、本人や複数の従業員から健康面の懸念が出ている場合
• 届出と実務の差が大きく、是正指導の可能性があると感じられる場合
• 変形労働時間制の運用で計算ミスや運用上の重大な不備が見つかった場合

実務で使える確認リストと、社労士に相談する際に整理しておく情報

相談がスムーズになる準備資料（可能な範囲で）：

• 従業員数（総数と常勤・非常勤の内訳）
• 雇用形態の内訳（正社員・パート・契約等）
• 直近3か月程度の勤怠集計（打刻データ、残業時間の分布）
• 就業規則の有無と最新版の写し（時間外、休暇、賃金規定）
• 現在の勤怠管理方法の概要（使用システム名や管理フロー）
• 導入予定の制度や変更点の概要（例：変形制導入の予定、シフト変更等）

まとめと当法人の支援内容

まずは、就業規則・勤怠記録・勤怠管理の方法の3点を確認してください。これらが整っていれば、36協定の作成・届出、運用の見直しがスムーズになります。きんつぎ社会保険労務士法人では、36協定の作成・見直しの助言、勤怠運用のチェック、必要書類の整理支援を行っております。初回の無料相談も案内していますので、まずは現状でご用意いただける範囲の資料（上記のリスト）を整理してご相談ください。詳しい業務内容や事務所案内は当法人の業務ページと事務所案内をご参照ください。

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